חברים בה כעשרה אישים מצרפת ומישראל שנבחרו על סמך כישוריהם ומומחיותם ומעורבים בתחומי הפעילות של הקרן.
המועצה משמשת כגוף מציע ומתכנן שמטרתו להזין ולהעשיר את האסטרטגיה וההחלטות שמקבלת הקרן צרפת-ישראל. לשם כך מקיימת המועצה תהליכי חשיבה כוללים אודות התקדמות הקרן צרפת-ישראל, התפתחותה והמודעות לפעילותה בציבור.
המועצה מתייחסת לכל הסוגיות שמעבירה לעיונה הנהלת הקרן. היא מונחית ע"י שני יושבי-ראש ומתכנסת לפחות פעמיים בשנה.
יושבי ראשי המועצה:
ז'וזף רובאש
דוד הררי
