ועדות מקצועיות הוקמו לטיפול בכל אחד מתחומי הפעילות של הקרן צרפת-ישראל. הן מורכבות מאישים מצרפת ומישראל המוכרים בזכות כישוריהם ומומחיותם בתחומים הרלוונטיים. בראש כל ועדה עומדים שני יושבי-ראש: צרפתי וישראלי.